L’església de Santa Maria, construïda el segle XIII
L’antiga església de Santa Maria, erigida després de la conquesta catalana de 1235, ocupava la mateixa ubicació que la Catedral. L’edifici actual és el resultat de successives modificacions en les quals el temple va ser ampliat o reformat amb canvis estètics i ornamentals al gust de cada època.
L’edifici primitiu, de planta rectangular, solament ocupava l’espai de la nau central i va ser ampliat al segle XIV amb la construcció de l’absis gòtic col·locat a l’extrem de llevant del vell edifici, en una posició avançada a la línia de la muralla islàmica, de la qual s’han documentat restes en la cripta situada sota el presbiteri. A més de l’absis de planta poligonal, es va construir una sagristia i la torre del campanar que s’eleva sobre la primera capella de l’absis. La torre, de planta trapezoïdal, consta de dos cossos separats per cornises decorades i en el superior hi ha una doble filada de tres finestres ogivals separades per una cornisa. La torre apareix coronada per una estructura piramidal d’arestes dentades, similar a la d’altres esglésies gòtiques de Mallorca.
El temple medieval va tornar a ampliar-se amb la creació de les capelles laterals de la nau. La primera la va manar fer Ponç Sacoma, el 1388, i la resta es va construir el primer quart del segle XVI. En aquesta època també es va traslladar la sagristia gòtica a un cos exterior adossat a la capella de Sant Miquel.
A la fi del segle XVII, l’església havia d’estar sensiblement deteriorada, tal com assenyala el Bisbe de Tarragona Josep Mora, en la seua visita a l’església. Pel que sembla la coberta tenia goteres i el paviment es trobava molt espatllat pels continus enterraments que es practicaven a l’interior del temple. Aquesta situació va portar als jurats de la Universitat a plantejar-se una reforma de l’edifici, les obres del qual es van encarregar als mestres Pere Ferro i Jaume Arços. Els treballs que van començar en 1712 no finalitzarien fins a 1728.
Aquesta intervenció no solament va millorar els desperfectes estructurals de l’edifici sinó que també es va modificar l’ornamentació interior, unificant l’estil decoratiu dels diferents espais i elements arquitectònics. A banda i banda de la nau es van col•locar pilastres amb basa d’ordre compost i capitells de fulles d’acant i volutes, enllaçats per un arquitrau, fris i cornisa superior, sobre la qual descansa la volta de canó de sis trams que cobreix la nau central. Per sobre de les claus dels arcs, es van col·locar llunetes amb motius religiosos pintats. Els arcs ogivals de les capelles gòtiques de l’absis se substitueixen per uns altres de mig punt similars als de la nau. Tan sol va ser respectat el de la capella central on estava situat l’altar major.
A l’exterior va ser modificada la porta principal del temple, a la qual es van afegir diversos elements arquitectònics d’estil neoclàssic.
En 1782 es va concedir el Bisbat a la ciutat d’Eivissa i l’església de Santa Maria adquirí des d’aleshores el rang de Catedral. El 5 de febrer de 1784 va fer la seua entrada oficial el primer bisbe de la diòcesi, Manuel Abad y Lasierra, que va exercir el seu càrrec fins a 1787.
Després del segle XVIII la catedral sofrirà pocs canvis en la seua fisonomia. L’obra més important d’aquesta època va ser la modificació del presbiteri, realitzada el 1803 i en la qual es va elevar i va ampliar fins al límit amb les dues primeres capelles de la nau. L’altar major, situat tradicionalment a la capella central de l’absis, passarà a col·locar-se enmig del nou presbiteri i el cor darrere de l’altar, dins de la capella central.
En el seu interior hi ha el Museu Diocesà.